行政判决书

　　上诉人（一审原告、专利权人）：某基因组股份公司。
　　代表人：延某，该公司首席财务官。
　　代表人：约某，该公司德国高级研究经理和知识产权/管理主管（代理人）。
　　委托诉讼代理人：邓慧琼，北京市正见永申律师事务所律师。
　　委托诉讼代理人：闵丹，北京市正见永申律师事务所律师。
　　被上诉人（一审被告）：国家知识产权局。住所地：中华人民共和国北京市海淀区蓟门桥西土城路6号。
　　法定代表人：申长雨。
　　委托诉讼代理人：曹克浩，该局审查员。
　　委托诉讼代理人：史晶，该局审查员。
　　一审第三人（无效宣告请求人）：江苏某生物医药技术股份有限公司。住所地：江苏省苏州市。
　　法定代表人：王某，该公司总经理兼董事长。
　　委托诉讼代理人：巴某粉，女，该公司工作人员。
　　委托诉讼代理人：张某田，女，该公司工作人员。
　　上诉人某基因组股份公司（以下简称某基因公司）与被上诉人国家知识产权局及一审第三人江苏某生物医药技术股份有限公司（以下简称某医药公司）发明专利权无效行政纠纷一案，涉及专利权人为某基因公司、名称为“分析细胞增殖性病症的方法和核酸”的发明专利（以下简称本专利）。针对某医药公司就本专利提出的无效宣告请求，国家知识产权局作出第40815号无效宣告请求审查决定（以下简称被诉决定），在某基因公司于2019年2月25日提交的权利要求书的基础上，宣告权利要求1-3、权利要求6-9、12-17、20-28以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”和涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案无效，维持权利要求4、5、10、11、18、19中“生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、粪便、结肠流出物，及其组合”及“所述癌症为结肠直肠癌”的技术方案有效；某基因公司不服，向北京知识产权法院（以下简称一审法院）提起诉讼。一审法院于2021年12月24日作出（2019）京73行初14061号行政判决，判决驳回某基因公司的诉讼请求；某基因公司不服，向本院提起上诉。本院于2022年6月30日立案后，依法组成合议庭，并于2023年9月15日询问当事人，上诉人某基因公司的委托诉讼代理人邓慧琼、闵丹，被上诉人国家知识产权局的委托诉讼代理人曹克浩、史晶，一审第三人某医药公司的委托诉讼代理人巴某粉、张某田到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
　　本案基本事实如下：本专利系名称为“分析细胞增殖性病症的方法和核酸”的发明专利，专利权人为某基因公司，专利号为20141014****.*，专利申请日为2006年4月17日，最早优先权日为2005年4月15日，授权公告日为2017年7月28日。作为本案审查基础的权利要求为：
　　“1.用于确定Septin9基因或基因组的Septin9序列的甲基化水平的装置在制备用于检测和／或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，其中所述方法包括确定分离自所述个体的生物样品中Septin9基因或基因组的Septin9序列的甲基化水平，其中ＣｐＧ甲基化表明所述癌症存在或其种类，其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。
　　2.如权利要求1所述的用途，其中ＣｐＧ甲基化的存在表明癌性细胞增殖性病症的存在，而其不存在表明良性细胞增殖性病症的存在，其中所述癌性细胞增殖性病症区别于所述良性细胞增殖性病症。
　　3.如权利要求1所述的用途，其中所述甲基化水平通过检测所述Septin9基因或基因组的Septin9序列内ＣｐＧ甲基化的存在与否来确定，其中甲基化的存在表明癌性细胞增殖性病症的存在。
　　4.如权利要求1所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便，及其组合。
　　5.如权利要求1所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞，及其组合。
　　6.区分基因组DNA至少一个靶区域内甲基化和未甲基化ＣｐＧ二核苷酸的至少一种试剂或成组试剂在制备用于检测和／或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，其中所述方法包括使从所述个体生物样品中分离的基因组DNA与所述至少一种试剂或成组试剂接触，其中所述靶区域等同于或互补于至少一种分别选自ＳＥＱＩＤＮＯ：1至ＳＥＱＩＤＮＯ：3的序列的至少16连续核苷酸的序列，其中所述连续核苷酸包含至少一个ＣｐＧ二核苷酸序列，由此至少部分地提供对癌症的检测和／或分类，其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。
　　7.将5位未甲基化的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶或在杂交性能方面可检测地不同于胞嘧啶的其它碱基的一种或多种试剂，和扩增酶和至少两种包含至少9核苷酸连续序列的引物在制备用于检测和/或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，其中所述方法包括：
　　ａ）提取或以其它方式从所述个体生物样品分离基因组DNA；
　　ｂ）用所述一种或多种试剂处理ａ）的所述基因组DNA或其片段；
　　ｃ）使所述经处理的基因组DNA或其经处理的片段与所述扩增酶和所述至少两种引物接触，所述引物包括至少9核苷酸的连续序列，其等同于或互补于选自ＳＥＱＩＤＮＯ：4至ＳＥＱＩＤＮＯ：15及其互补序列的序列，其中所述经处理的基因组DNA或其片段被扩增以产生至少一种扩增产物或不被扩增；以及
　　d）基于所述扩增物是否存在或其性质，确定选自SEQIDNO：1至SEQIDNO：3的序列的至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平，或者反映选自SEQIDNO：1至SEQIDNO：3的序列的多个CpG二核苷酸平均甲基化状态或水平的均值或值，由此至少部分地提供至少检测和分类癌症之一，其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。
　　8.如权利要求7所述的用途，其中ｂ）中处理所述基因组DNA或其片段包括使用选自亚硫酸氢盐、酸式亚硫酸盐、焦亚硫酸盐及其组合的试剂。
　　9.如权利要求7所述的用途，其中ｃ）中的接触或扩增包括使用至少一种选自如下的方法：使用耐热DNA聚合酶作为所述扩增酶；使用缺乏5’-3’外切酶活性的聚合酶；使用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）；产生带有可检测标记的扩增产物核酸分子。
　　10.如权利要求6所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便，及其组合。
　　11.如权利要求6所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞，及其组合。
　　12.如权利要求7所述的用途，其中所述方法还在步骤d）中包括使用至少一种核酸分子或肽核酸分子，其在各种情况下都包含等同于或互补于选自SEQIDNO：4至SEQIDNO：15序列及其互补序列的至少9核苷酸长度的连续序列，其中所述核酸分子或肽核酸分子抑制其所杂交的所述核酸的扩增。
　　13.如权利要求7所述的用途，其中d）中的确定包括至少一种核酸分子或肽核酸分子的杂交，所述至少一种核酸分子或肽核酸分子在各种情况下包含等同于或互补于选自SEQIDNO：4至SEQIDNO：15序列及其互补序列的至少9核苷酸长度的连续序列。
　　14.如权利要求13所述的用途，其中所述至少一种杂交的核酸分子或肽核酸分子被连接到固相。
　　15.如权利要求13所述的用途，其中所述方法还包括使所述至少一种杂交的核酸分子延伸至少一个碱基。
　　16.如权利要求7所述的用途，其中d）中的确定包括对所述扩增产物的测序。
　　17.如权利要求7所述的用途，其中c）中的接触或扩增包括使用甲基化特异的引物。
　　18.如权利要求7所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便，及其组合。
　　19.如权利要求7所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞，及其组合。
　　20.一种或多种甲基化敏感限制酶和扩增酶和适于扩增具有选自SEQIDNO：1至SEQIDNO：3的序列的至少一个CpG二核苷酸的至少两种引物在制备用于检测和/或分类癌症的方法的试剂盒中的用途，其中所述方法包括：
　　ａ）提取或以其它方式从得自所述个体的生物样品分离基因组DNA；
　　ｂ）以一种或多种甲基化敏感限制酶消化ａ）的所述基因组DNA或其片段；
　　使ｂ）的DNA限制酶消化产物与所述扩增酶和所述至少两种引物接触；以及
　　c）基于扩增产物存在与否，确定选自SEQIDNO：1至SEQIDNO：3的序列的至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平，由此至少部分地提供至少检测和分类癌症之一，
　　其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。
　　21.如权利要求20所述的用途，其中通过杂交至少一种核酸或肽核酸来确定扩增产物的存在与否，所述至少一种核酸或肽核酸等同于或互补于选自SEQIDNO：1至SEQIDNO：3的序列的至少16碱基长片段。
　　22.衍生自基因组ＳＥＱＩＤＮＯ：1至ＳＥＱＩＤＮＯ：3的经处理的核酸在制备用于检测和／或分类癌症的试剂盒中的用途，其中所述处理适合于将所述基因组DNA序列的至少一个未甲基化的胞嘧啶碱基转化至尿嘧啶或在杂交上可检测地不同于胞嘧啶的其它碱基，其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。
　　23.核酸在制备用于检测和／或分类癌症的试剂盒中的用途，所述核酸为选自ＳＥＱＩＤＮＯ：4至ＳＥＱＩＤＮＯ：15的经处理的基因组DNA序列及其互补序列的至少16连续核苷酸，其中所述处理合适于将所述基因组DNA序列的至少一个未甲基化的胞嘧啶碱基转变为尿嘧啶或在杂交上可检测地不同于胞嘧啶的其它碱基，其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。
　　24.核酸在制备用于检测和／或分类癌症的试剂盒中的用途，所述核酸为选自ＳＥＱＩＤＮＯ：4至ＳＥＱＩＤＮＯ：15的经处理的基因组DNA序列及其互补序列的至少50连续核苷酸，其中所述处理合适于将所述基因组DNA序列的至少一个未甲基化的胞嘧啶碱基转变为尿嘧啶或在杂交上可检测地不同于胞嘧啶的其它碱基，其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。
　　25.适合于权利要求6之用途的试剂盒，包括（a）亚硫酸氢盐试剂；（b）适合于容纳所述亚硫酸氢盐和患者生物样品的容器；（c）含有两种寡核苷酸的至少一套寡核苷酸，其序列在各种情况下都等同于或互补于选自SEQIDNO：4至SEQIDNO：15的序列的9碱基长片段。
　　26.如权利要求25所述的试剂盒，其中所述序列在各种情况下都等同于或互补于选自SEQIDNO：4至SEQIDNO：15的序列的18碱基长片段。
　　27.适合于权利要求6之用途的试剂盒，包括（a）甲基化敏感限制酶试剂；（b）适合于容纳所述试剂和患者生物样品的容器；（c）含有一种或多种核酸或肽核酸的至少一套寡核苷酸，其等同于或互补于选自SEQIDNO：1至SEQIDNO：3的序列的至少9碱基长片段；以及任选地，（d）使用和解释试剂盒结果的说明书。
　　28.权利要求25-27中任一项所述的试剂盒在制备用于癌症的诊断和/或分类的试剂盒中的用途。”
　　2018年11月30日，某医药公司请求国家知识产权局宣告本专利权全部无效。主要理由包括：（一）本专利说明书公开不充分，不符合2000年修正的《中华人民共和国专利法》（以下简称专利法）第二十六条第三款的规定；（二）本专利权利要求1-28得不到说明书的支持，不符合专利法第二十六条第四款的规定；（三）本专利权利要求6、10、11不具备新颖性，不符合专利法第二十二条第二款的规定；（四）本专利权利要求1-28不具备创造性，不符合专利法第二十二条第三款的规定；（五）本专利权利要求6-19、22-24、26保护范围不清楚，不符合2002年修订的《中华人民共和国专利法实施细则》（以下简称专利法实施细则）第二十条第一款的规定。（六）本专利权利要求1、6、7、20、22-24、28缺少必要技术特征，不符合专利法实施细则第二十一条第二款的规定。（七）本专利权利要求1、7-19、23-26超出了原母案申请公开的范围，不符合专利法实施细则第四十三条第一款的规定。
　　某医药公司共提交30份证据，其中包括：
　　证据5：标题为“ＴｕｍｏｒＣｅｌｌｓＣｉｒｃｕｌａｔｅｉｎｔｈｅＰｅｒｉｐｈｅｒａｌＢｌｏｏｄｏｆＡｌｌＭａｊｏｒＣａｒｃｉｎｏｍａｓｂｕｔｎｏｔｉｎＨｅａｌｔｈｙＳｕｂｊｅctｓｏｒＰａｔｉｅｎｔｓＷｉｔｈＮｏｎｍａｌｉｇｎａｎｔＤｉｓｅａｓｅｓ”的文章及相关部分中文译文，Ｗ等，ＣｌｉｎｉｃａｌＣａｎｃｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ，第10卷，第6897-6904页，公开日为2004年10月15日。证据5公开了结直肠癌患者7.5毫升全血中可以检出的循环肿瘤细胞数（ＣＴＣ）平均仅为4±11个（中值5个），这表明在全血中来自循环肿瘤细胞的DNA含量极低。
　　证据7：标题为“ＰｒｏｓｐｅctｉｖｅＳｔｕｄｙｏｆＱｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎｏｆＰｌａｓｍａDNAＬｅｖｅｌｓｉｎｔｈｅＤｉａｇｎｏｓｉｓｏｆＭａｌｉｇｎａｎｔｖｅｒｓｕｓＢｅｎｉｇｎＰｒｏｓｔａｔｅＤｉｓｅａｓｅ”的文章及相关部分中文译文，Ｊ等，ＣｌｉｎｉｃａｌＣａｎｃｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ，第11卷，第1394-1399页，公开日为2005年2月15日。证据7公开了在确定无细胞DNA（即循环DNA，ｃｆ-DNA）在相同症状群体中区分前列腺癌与良性疾病的诊断潜力中，即使是同样来源于血液的血清或血浆中，也无法检测出DNA水平与前列腺癌之间的关联性。
　　证据8：标题为“Ｍａｓｓｉｖｅｌｙｐａｒａｌｌｅｌｂｉｓｕｌｐｈｉｔｅｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｒｅｖｅａｌｓｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙｏｆｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒ-ａｓｓｏｃｉａｔｅｄｃｙｔｏｓｉｎｅ-ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｐａｔｔｅｒｎｓｏｂｔａｉｎｅｄｆｒｏｍｔｉｓｓｕｅａｎｄDNA”的文章以及相关部分中文译文，Ｙ等，ＧｅｎｏｍｅＲｅｓ.，200818，第19-29页，公开日为2007年11月21日。
　　证据9：标题为“Ｄｅｔｅctｉｏｎａｎｄｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅplasmaｏｆｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｃｏｌｏｒｅctａｌｔｕｍｏｒｓ”的文章以及相关部分中文译文，Ｆ等，ＰＮＡＳ，第102卷，第45期，第16368-16373页，公开日为2005年11月8日。
　　证据12：标题为“DNAＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎＭａｒｋｅｒｓｉｎＰａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈＧａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌＣａｎｃｅｒｓ”的文章以及相关部分中文译文，Ｃ等，2003Ｓ.ＫａｒｇｅｒＡＧ，Ｂａｓｅｌ，公开日为2003年。证据12公开了基于靶基因的表达水平与癌症的关系，能够选择作为DNA甲基化标志物的候选基因，其中甲基化一般发生在ＣｐＧ二核苷酸或ＣｐＧ位置，因此检测Septin9的甲基化时，本领域技术人员能够显而易见地知道需要检测的是Septin9序列内的ＣｐＧ甲基化。
　　针对某医药公司提出的无效宣告请求，某基因公司提交了如下证据：
　　反证1：标题为“DNMT1andDNMT3bcooperatetosilencegenesinhumancancercells”的文章及摘要中文译文，I等，Nature，第416卷，第552-556页，公开日2002年4月4日。
　　反证2：标题为“ＴｈｅＤｎｍｔ1DNA-（ｃｙｔｏｓｉｎｅ-Ｃ5）-ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅＭｅｔｈｙｌａｔｅｓDNAＰｒｏｃｅｓｓｉｖｅｌｙｗｉｔｈＨｉｇｈＰｒｅｆｅｒｅｎｃｅｆｏｒＨｅｍｉｍｅｔｈｙｌａｔｅｄＴａｒｇｅｔＳｉｔｅｓ”的文章及部分中文译文，Ａ等，ＴｈｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＣｈｅｍｉｓｔｒｙ，第279卷，第46期，第48350-48359页。
　　反证3：标题为“MultimodalityexpressionprofilingshowsSEPT9tobeoverexpressedinawiderangeofhumantumours”的文章及部分中文译文，M等人，Oncogene（2005）24，第4688-4700页，公开日2005年3月14日。
　　2019年7月10日，国家知识产权局作出被诉决定认为：本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28得不到说明书的支持，权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”和涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案得不到说明书的支持，不符合专利法第二十六条第四款的规定。针对权利要求4、5、10、11、18、19中“生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、粪便、结肠流出物，及其组合”以及“所述癌症为结肠直肠癌”的技术方案，说明书公开充分，权利要求保护范围清楚，修改未超出原母案申请公开的范围，权利要求10、11的相关技术方案相对于证据25具备新颖性，上述权利要求所要保护的技术方案具备创造性。国家知识产权局据此决定：在某基因公司于2019年2月25日提交的权利要求书的基础上，宣告权利要求1-3、6-9、12-17、20-28以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”和涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案无效，维持权利要求4、5、10、11、18、19中“生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、粪便、结肠流出物，及其组合”及“所述癌症为结肠直肠癌”的技术方案有效。
　　某基因公司不服，于2019年11月15日向一审法院提起诉讼，请求：撤销被诉决定，判令国家知识产权局重新作出审查决定。事实和理由为：（一）被诉决定有关本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28得不到说明书支持，以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”的技术方案得不到说明书的支持的事实认定错误。1.被诉决定错误认定了本专利实际技术贡献。本专利实际技术贡献是首次发现并验证了Septin9甲基化与癌症的关联性，从而提供一种通过对样品中的Septin9甲基化的检测来诊断癌症的用途。另外，本专利首要解决的是“什么标志物用于诊断癌症”的技术问题，而非“用什么样品去诊断”，因而不应将本专利权的保护范围局限于某几样样品的检测。对于选择样品的技术问题，本领域技术人员可以结合现有技术公开的内容进行合理预期，以及利用现有技术公开的技术手段去实现并解决该技术问题。因而，在本专利提供了Septin9甲基化可以用于癌症诊断的基础上，本领域技术人员完全可以依据本专利记载的实施方式、现有技术状况和本领域的公知常识选择合理的生物样品用于本专利的检测，并可以合理预期本专利所实现的技术效果。被诉决定夸大了对于本专利的实际技术贡献的实验要求，提出了对于实验数据更为严苛的审查标准。2.被诉决定错误地认定了现有技术状况和本专利公开的内容。（1）被诉决定错误地认为用于检测的循环肿瘤基因（ct-DNA）仅仅来自循环肿瘤细胞（ＣＴＣ）、将ＣＴＣ的数量等同于ct-DNA的数量，并据此直接作出了因为血液中的ct-DNA含量极低、故而无法预期检测效果的错误认定。事实上，本领域技术人员均知晓，在血液中检测到的ct-DNA并非来源于ＣＴＣ，而是主要来源于死亡或凋亡的肿瘤细胞。故，血液中的ＣＴＣ数量少，并不等同于血液中可检测的ct-DNA数量少。因而，被诉决定以证据5质疑本专利无法在血样中实现预期的技术效果，基础不能成立。证据12证明了：①甲基化的检测标志物可以在ＣＲＣ患者的不同的体液样品中进行检测，例如痰、血清、血浆、尿液。②尽管体液中的甲基化的检测标志物数量较少，但是可以利用众所周知的高敏感性的检测方法去将含量较少的甲基化DNA从包含正常DNA背景中扩增出来从而解决该技术问题。另外，利用血液中的ct-DNA检测早已为本领域的现有技术。（2）被诉决定认定在血液中检测ct-DNA时难以克服背景干扰的依据是某医药公司的证据7，证据7研究的是前列腺癌，并未记载在结肠直肠癌和肝细胞癌的血液检测中存在背景干扰而无法实现检测的技术障碍。同时现有技术中存在大量证据表明可以实现结肠直肠癌和肝细胞癌的血液检测，且未存在背景干扰。另外，为了提高检测灵敏度，现有技术中也存在大量提高在全血中检测灵敏度的实验手段的直接教导。（二）被诉决定有关本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28得不到说明书的支持，以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自体液、尿”的技术方案得不到说明书的支持的事实认定错误。本领域技术人员完全可以依据本专利记载的实施方式、现有技术状况和本领域的公知常识选择合理的生物样品用于本专利的检测，并可以合理预期本专利所实现的技术效果。另外，被诉决定错误地假设“通常情况下尿液中一般不含有来自结直肠癌组织的肿瘤细胞”，且并未举证证明该假设为本领域的公知常识，故其仅属于断言性的认定。（三）被诉决定有关本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28得不到说明书的支持，以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案得不到说明书的支持的事实认定错误。本专利除了验证Septin9甲基化和结肠癌细胞的关系外（例如参见说明书中的表15和表16），也已经明确验证了Septin9甲基化和肝细胞癌的关系，例如，本专利说明书第［0657］段记载“只有肝癌以等于或高于结肠细胞癌的比例甲基化”，图3涉及的肝癌样品甲基化检测结果以及表20第5行涉及肝癌样品的甲基化检测结果（其中肝癌的总样品数为9，甲基化检测结果为阳性的样品数达到了7，比例显著高于其它癌症种类）。因此本专利已经充分验证了Septin9基因的甲基化能够用于肝细胞癌和结肠直肠癌的检测。在已经对结肠细胞癌进行充分实验验证的基础上，并不必须对于肝细胞癌作出同样严苛的实验要求。本专利说明书中记载的实施方式足以证明Septin9甲基化可以在肝细胞癌中实现检测，在此基础上，结合现有技术以及本领域的普遍认知，可以合理预期在肝细胞癌生物样品中进行Septin9甲基化检测的技术效果。
　　国家知识产权局一审辩称：被诉决定认定事实清楚，适用法律法规正确，审查程序合法，审查结论正确，某基因公司的诉讼理由不能成立，应当依法予以驳回。
　　某医药公司一审述称：同意国家知识产权局的意见，某基因公司的诉讼理由不能成立，应当依法予以驳回。
　　一审法院经审理认定了上述事实。另查明：某基因公司一审提交了以下证据：1.标题为“ＤｅｔｅctｉｏｎｏｆｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇｔｕｍｏｕｒDNAｉｎｔｈｅｂｌｏｏｄ（plasma／serum）ofcancerpatients”的文章及部分中文译文，ＣａｎｃｅｒａｎｄＭｅｔａｓｔａｓｉｓＲｅｖｉｅｗｓ，1999。2.标题为“ＳｅｎｓｉｔｉｖｅＤｅｔｅctｉｏｎｏｆDNAＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ”的文章及部分中文译文，Ａｎｎ.Ｎ.Ｙ.Ａｃａｄ.Ｓｃｉ，2003。3.标题为“ＤｅｔｅctｉｏｎｏｆｔｕｍｏｕｒDNAｉｎserumｏｆｃｏｌｏｒｅctａｌｃａｎｃｅｒｐａｔｉｅｎｔｓ”的文章及部分中文译文，ＳｃａｎｄＪＣｌｉｎＬａｂＩｎｖｅｓｔ，1997。
　　一审法院认为：某基因公司主张被诉决定有关本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28得不到说明书的支持，以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”的技术方案得不到说明书的支持的事实认定错误。本专利实际技术贡献是首次发现并验证了Septin9甲基化与癌症的关联性，从而提供一种通过对样品中的Septin9甲基化的检测来诊断癌症的用途。对此，本专利实施例4显示Septin9在多种疾病中均有甲基化升高的表现，且现有技术表明Septin9与其他癌症相关。因而，本专利的技术贡献在于确定Septin9可用于诊断何种具体疾病，以及如何检测Septin9甲基化并诊断该疾病，某基因公司所主张的技术贡献在于Septin9与不区分种类的癌症关联性并无依据。
　　某基因公司主张被诉决定错误地认定了现有技术状况和本专利公开的内容。对此，本领域技术人员知晓ct-DNA是肿瘤细胞DNA经脱落或肿瘤细胞凋亡后释放进入循环系统，而ＣＴＣ是进入外周血的肿瘤细胞成分，由此可见ct-DNA是来自进入循环系统的肿瘤细胞ＣＴＣ。然而，根据证据5可知，现有技术中认为患者血样中存在的来自循环肿瘤细胞的DNA含量极低。根据证据7-9可知，循环系统中大量存在正常细胞，其释放了大量的无细胞DNA（ｃｆ-DNA），这表明ｃｆ-DNA会对ct-DNA的检测准确度带来严重影响。故在本专利没有限定具体甲基化水平和如何分析统计甲基化差异的情况下，综合考虑现有技术，本专利中的数据不足以使本领域技术人员相信仅依据组织样品的检测结果，可预测出本专利在血样中能实现预期的技术效果。
　　某基因公司主张被诉决定有关本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28得不到说明书的支持，以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自体液、尿”的技术方案得不到说明书的支持的事实认定错误。对此，本专利并未提供体液、尿的阳性和阴性样品作为对比分析的实验数据，同时本专利是检测结直肠癌的循环肿瘤DNA，不同于尿液循环，二者待检物不同，对此不予支持。
　　某基因公司主张被诉决定有关本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28得不到说明书的支持，以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案得不到说明书支持的事实认定错误。对此，可否用于诊断肝癌，需要考虑的是：能否将肝癌患者与正常人相互区分。诊断肝癌既要满足灵敏性（即阳性检出率，不存在大量的假阴性），也要满足特异性（即阴性检出率，不存在大量的假阳性）。本专利实施例4表20证实了9位阳性患者中可检出7位，即具有一定的灵敏性；图3证明了肝癌患者甲基化百分比高于正常人，但上述信息并未证明假阳性率在合理的范围区间，能够同时满足灵敏性和特异性的需求。因而，本领域技术人员依据说明书记载的信息实际无法将Septin9甲基化程度的信息用于肝癌的诊断工作。本领域技术人员基于本申请的记载和现有技术无法知晓Septin9甲基化程度可以同时满足肝癌诊断所需的敏感性和特异性，因而无法将其用于肝癌诊断，故对某基因公司的该主张不予支持。
　　一审法院依照专利法第二十六条第四款和《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条之规定，判决：“驳回原告某基因组股份公司的诉讼请求。案件受理费人民币一百元，由原告某基因组股份公司负担（已交纳）。”
　　某基因公司不服一审判决，向本院提起上诉，请求：1.撤销一审判决；2.撤销被诉决定，判令国家知识产权局重新作出审查决定；3.国家知识产权局承担本案一审、二审案件受理费。事实和理由为：一审判决认定本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选择体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”和涉及“所述癌症为肝癌细胞”的技术方案得不到说明书支持，存在事实认定和法律适用错误。（一）本专利实质审查阶段未认定本专利存在权利要求得不到说明书支持的情形。本专利实质审查阶段的两次审查意见通知书均涉及关于专利法第二十六条第四款的意见，国家知识产权局在上述实质审查意见中仅关注保护范围是否清楚的问题，均未涉及权利要求是否得到说明书的支持，足以表明本专利的授权是在反复细致地审核了专利法第二十六条第四款的基础上作出的。（二）一审判决关于涉及“生物样品选择体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”的技术方案是否得到说明书支持认定错误。1.一审判决关于本专利的技术贡献认定错误。本专利的技术贡献在于首次发现并验证了Septin9甲基化与癌症的关联性，从而提供了一种通过对样品中Septin9甲基化的检测来诊断癌症的用途。2.一审判决关于现有技术状况和本专利公开的内容认定错误。首先，关于“血液中能检测到的DNA含量非常低”的认定。证据8、9的公开日晚于本专利的优先权日，除了对在先技术的介绍以外，其他记载内容都不属于现有技术，不应作出被诉决定的依据。即便根据某医药公司在无效宣告程序中提交的证据，亦不能得出ＣＴＣ是血液中肿瘤DNA唯一来源的结论，何况还存在ｃｆ-DNA，因此无法得出被诉决定认定的血液中能检测到的DNA含量非常低这一前提。其次，关于“血液中有难以克服的背景干扰”的认定。证据7是关于前列腺癌的干扰，并无证据表明结肠癌存在同样的背景干扰，并且，即使血液中有其他DNA甲基化的干扰，也并不是不可克服的。3.用血液检测结直肠癌等实体肿瘤是本领域比较多见的思路。4.本专利的血样检测属于合理推导。5.被诉决定以说明书中并未提供充分的实验数据为由认定本专利得不到说明书支持缺乏法律依据，也有违公平原则。（三）一审判决关于涉及“生物样品选自体液、尿液”的技术方案是否得到说明书支持的认定错误。被诉决定认为由于尿液形成于泌尿系统，与消化系统中的结直肠癌不直接接触，与血样相似，故该技术方案也得不到说明书支持。然而，尿液是血液经肾脏透析而得，来自血液的肿瘤DNA、无细胞DNA等亦可成为甲基化DNA的来源。况且，根据被诉决定中的证据12可知，用高敏感的基因扩增技术即可检测。（四）一审判决关于涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案得不到说明书支持的认定错误。被诉决定认为本专利缺乏肝癌和正常组织对照样品的检测实验数据，无法基于结直肠癌的检测效果去推测肝癌的效果，但本专利表20和图3均显示，利用本专利的检测方法测出肝癌的效率比测出结直肠癌更好。
　　国家知识产权局辩称：（一）关于技术贡献的认定。首先，根据证据10、13、14可知，现有技术中已经认识到Septin9甲基化与部分癌症（如卵巢癌等）存在相关性，进而易于想到用该标志物来诊断相关癌症。因此，本专利只是首先发现并验证了Septin9甲基化与结直肠癌的相关性。其次，根据保护范围匹配技术贡献的原则，结合本专利实际验证的具体实验数据，本专利的实际技术贡献是使用组织样品作为检测对象的检测方法。（二）一审程序中某基因公司对相关证据并没有提出异议，而且虽然证据8、9的公开日晚于本专利的最早优先权日，但某医药公司提交证据8、9的直接目的并不是将其作为评价新颖性或创造性的现有技术文献来使用，而是为了证明具体的客观技术事实，相应的技术事实在证据5、7中也有类似记载，因此，被诉决定结合证据5、7对证据8、9记载的客观技术事实予以考虑。综上，被诉决定是在分析本专利检测原理后，综合考虑现有技术的发展水平，结合本专利的具体实施例，才得出权利要求得不到说明书支持的结论。而且，根据保护范围与技术贡献相匹配的专利保护原则，要获得对以非组织样品作为检测对象的技术方案的保护范围，某基因公司理应为本领域技术人员提供足以令人信服的实验数据以证明其作出了相应的技术贡献，而不能仅仅使用检测组织样品的实验数据来代替检测非组织样品的实验数据。综上，坚持被诉决定的意见，一审判决认定事实清楚，适用法律法规正确，请求驳回上诉，维持原判。
　　某医药公司述称：同意国家知识产权局的意见。
　　本院二审期间，某基因公司向本院提交了如下证据：1.本专利实质审查阶段的第二次审查意见通知书；2.本专利实质审查阶段的第三次审查意见通知书。证据1、2拟共同证明本专利实质审查阶段已对本专利权利要求是否得到说明书支持进行了全面审查，均认为权利要求得到说明书的支持。3.某医药公司在无效宣告请求审查阶段提供的证据5，拟证明被诉决定认定“血液中能检测到的DNA含量如此之低”的结论错误；4.某基因公司一审提交的证据2，拟证明本领域技术人员不会对血液样品、尿液样品能否检测产生疑虑；5.标题为“ＦｒｅｅDNAｉｎｔｈｅＳｅｒｕｍｏｆＣａｎｃｅｒＰａｔｉｅｎｔｓａｎｄｔｈｅＥｆｆｅctｏｆＴｈｅｒａｐｙ”的文章及其部分中文译文，Ｓ等，ＣＡＮＣＥＲＲＥＳＥＡＲＣＨ37，第646-650页，1977年，拟证明早在1977年本领域就已经有了测量血液中癌DNA的方法；6.标题为“Ｋ-ｒａｓｐｏｉｎｔｍｕｔａｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅｂｌｏｏｄplasmaDNAｏｆｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｃｏｌｏｒｅctａｌｔｕｍｏｒ”的文章及其部分中文译文，Ｖ.等，ＩｎＣｈａｌｌｅｎｇｅｓｏｆｍｏｄｅｒｎｍｅｄｉｃｉｎｅ，ＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＴｏｄａｙ1994年；第5卷，第141-150页，拟证明在比本专利早十多年以前，本领域就已有了检测结直肠癌血液中癌症基因突变的方法。
　　国家知识产权局质证意见为：认可上述证据的真实性、合法性，对其关联性和证明目的不认可。无效审查是对实质审查的纠正程序，上述证据不足以说明血液中结直肠癌的DNA含量多。
　　某医药公司质证意见为：同意国家知识产权局的质证意见，认可上述证据的真实性、合法性。
　　本院认证意见为：根据《最高人民法院关于审理专利授权确权行政案件适用法律若干问题的规定（一）》（以下简称专利授权确权规定）第二十九条的规定，专利申请人、专利权人在专利授权确权行政案件中提供新的证据，用于证明专利申请不应当被驳回或者专利权应当维持有效的，人民法院一般应予审查。某基因公司二审提交的证据3、4并非新的证据。本院确认证据1、2、5、6的真实性、合法性，上述证据均用于证明本专利权利要求能否得到说明书的支持，与待证事实具有关联性。至于是否能够实现其证明目的，视情在裁判理由部分说明。
　　某医药公司向本院提交了如下证据：1.本专利实质审查阶段的第四次审查意见通知书；2.本专利实质审查阶段的第五次审查意见通知书。上述证据拟共同证明本专利连续四次审查意见通知书均涉及专利法第二十六条第四款的问题，可见本专利权利要求存在大量得不到说明书支持的情形。
　　某基因公司的质证意见为：认可上述证据的真实性、合法性和关联性，不认可其证明目的，上述证据反而可以证明本专利经过国家知识产权局多轮关于权利要求是否得到说明书支持的审查后获得授权，不存在得不到说明书支持的情形。
　　国家知识产权质证意见为：认可上述证据的真实性、合法性，但均不是无效宣告请求审查程序中提交的证据，不认可其关联性。
　　本院认证意见为：确认上述证据的真实性、合法性。上述证据系为反驳某基因公司二审证据1、2所提交的证据，符合专利授权确权规定第三十条第一款第五项的规定，本院对此予以审查，至于是否能够实现其证明目的，视情在裁判理由部分说明。
　　国家知识产权局二审中没有提交新证据。
　　本院经审理查明：一审法院认定的事实属实，本院予以确认。
　　本院另查明：某基因公司提交的二审证据5记载：“我们的结论是正常血清只含非常少的游离DNA”。某基因公司提交的二审证据6记载：“从15例已知情同意的、处于不同阶段的结直肠腺癌患者体内收集肝素血样……很显然血液中根本没有或者只有非常少的循环肿瘤细胞。但是，Ｔ等人使用相同的灵敏技术，确实在八名胰腺癌患者中的两名的外周血细胞中发现了突变。这种差异可由肠组织的特性来解释，在最后一次直接分裂至肠道之后肠组织脱离其细胞，因此在血流中并不存在。”
　　本院认为：本案系发明专利权无效行政纠纷。本专利最早优先权日在2000年修正的专利法施行日（2001年7月1日）之后、2008年修正的专利法施行日（2009年10月1日）之前，本案应适用2000年修正的专利法。本案二审争议焦点问题是：本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选自体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”和涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案是否能够得到说明书的支持。
　　专利法第二十六条第四款规定：“权利要求书应当以说明书为依据，说明要求专利保护的范围。”判断权利要求是否能够得到说明书的支持，应当站在本领域技术人员的角度，基于本领域现有技术的整体情况、说明书公开的内容和权利要求限定的内容进行综合判断。如果本领域技术人员基于说明书中公开的内容、现有技术的整体情况能够合理确信权利要求所要求保护的技术方案能够解决发明所要解决的技术问题，未超出发明人作出的技术贡献的范围，则应当认为权利要求能够得到说明书的支持。本领域技术人员能够合理确信，是指基于说明书中公开的内容，本领域技术人员使用常规的实验或者分析方法，而不是基于宽泛的理论推测，即可将说明书公开的内容扩展到权利要求的保护范围。
　　（一）关于本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选择体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”的技术方案是否能够得到说明书支持
　　某基因公司主张，基于其在无效宣告程序及一审、二审中提交的证据，足以证明血液检测肿瘤是本领域较为多见的思路，故本领域技术人员不会质疑血液肿瘤DNA含量极低、难以检测，也不存在其他基因甲基化对Septin9基因背景干扰情形，血液检测属于本领域技术人员基于组织检测的合理推导，故权利要求中涉及非组织检测样品的技术方案能够得到说明书的支持。
　　对此，本院分析如下：首先，某基因公司、某医药公司在本案中提交的多份论文证据表明，直至本专利优先权日之后，通过血液检测方式进行癌症筛查仍处于科学探索阶段，尚无能够作为试剂盒检测的定论。况且，某基因公司提交的二审证据6显示，“从15例已知情同意的、处于不同阶段的结直肠腺癌患者体内收集肝素血样……很显然血液中根本没有或者只有非常少的循环肿瘤细胞。但是，Ｔａｄａ等人使用相同的灵敏技术，确实在八名胰腺癌患者中的两名的外周血细胞中发现了突变。这种差异可由肠组织的特性来解释，在最后一次直接分裂至肠道之后肠组织脱离其细胞，因此在血流中并不存在”，该内容更足以佐证不同原发位置的癌症，其是否能够采用血液检测方式需要通过研究加以证明。其次，现有技术中确实存在血液检测循环DNA的方式，但如上所述，针对不同癌症，血液内ct-DNA的来源有异，无法得出采用常规技术手段必然能够通过血液等检测试剂盒进行检测的结论。再次，本专利系将用于确定Septin9基因或基因组的Septin9序列的甲基化水平的装置用于制备试剂盒中的用途，故说明书公开的内容应当足以证明其采用血液等方式检测试剂盒的技术方案能够实现该用途，而不是基于最早优先权日前后的学术论文的宽泛教导或者基于本领域对血液检测的普遍关注与需求得出结论。而本专利说明书并未公开基于结直肠癌阳性病例验证其血液内Septin9甲基化水平的实验数据，亦未公开采用血液检测试剂盒实现该用途的具体技术方案。最后，国家知识产权局系基于本领域技术人员在最早优先权日的基本认知得出血液肿瘤DNA含量极低、难以检测的结论，该结论亦与某基因公司提交的二审证据5的相应结论一致。同理，其他非组织样品的检测亦可得出与血液检测相同的结论。基于此，被诉决定认定关于本专利权利要求1-3、6-9、12-17、20-28以及权利要求4、5、10、11、18、19中涉及“生物样品选择体液、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞”的技术方案得不到说明书支持的结论并无不当，本院予以确认。
　　（二）关于涉及“所述癌症为肝细胞癌”的技术方案是否能够得到说明书支持
　　关于上述权利要求中涉及肝细胞癌的技术方案，由于本专利说明书实施例并未公开涉及肝癌和正常组织对照样品的检测试验数据，并且没有任何证据证明结肠直肠癌和肝癌具有相同或相似的致癌机理，仅基于本专利说明书表20和图3，既无法确定肝癌患者Septin9序列的甲基化水平的定量情况，更无法确定其可否通过试剂盒的形式予以实现其用途，故被诉决定认定上述技术方案得不到说明书的支持并无不当，本院予以确认。
　　此外，被授予专利权的发明创造不符合专利法第二十六条第四款的规定是专利法实施细则明确规定的无效宣告请求的理由之一，无效宣告程序系授权程序的纠错程序，不受实质审查过程中审查员曾认可本专利符合授权条件的拘束。故某基因公司关于实质审查阶段已经对本专利权利要求是否得到说明书支持予以审查，无效宣告请求审查阶段不应再对此审查的相关主张，缺乏法律依据。
　　综上所述，某基因公司的上诉请求不能成立，应予驳回。一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国行政诉讼法》第八十九条第一款第一项之规定，判决如下：
　　驳回上诉，维持原判。
　　二审案件受理费100元，由某基因组股份公司负担。
　　本判决为终审判决。